A reprodução dos líquens se faz por meio de propágulos vegetativos, denominados de sorédios. Cada sorédio contém algumas poucas algas envolvidas por algumas hifas do fungo. É uma estrutura pequena facilmente transportada pelo vento. As algas e os fungos podem se reproduzir independentemente da formação de sorédios ou não.
As micorrizas, são associações mutualísticas entre fungos e as raízes das plantas. Nesses casos, os fungos absorvem a água do solo, degradam matéria orgânica e absorvem os nutrientes liberados, transferindo-se em parte para a planta, que se desenvolvem mais facilmente. De certa forma, as plantas cedem aos fungos certos açucares e aminoácidos de que eles necessitam como alimento. As micorrizas, são extremamente importantes para a manutenção dos Ecossistemas, pois cerca de 95% das plantas formam estas associações, aumentando a sua eficiência de absorção.
Com as formigas, os fungos apresentam uma relação interessante, onde as formigas levam para dentro do formigueiro matérias orgânicas como folhas, gravetos, sementes, restos de furtos; nestes materiais acabam desenvolvendo fungos que servem de alimento para as formigas e suas larvas.
Outras funções importantes desempenhadas pelos fungos é na ciclagem de matérias orgânicas no meio ambiente, onde através do processo de decomposição os fungos degradam matérias orgânicas como restos de alimentos, folhas, troncos e galhos e outros restos vegetais, além de restos de animais também. Assim, os fungos transformam a matéria orgânica em nutrientes inorgânicos devolvidos ao ambiente e retornando ao ciclo biogeoquímico dos nutrientes no ambiente, contribuindo de forma importantíssima para a manutenção dos Ecossistemas. Através da decomposição dos materiais, os fungos podem causar prejuízos econômicos quando desenvolvem em madeiramentos industriais, matérias-primas industriais, matérias como tecidos e couro.
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